วิทยาลัยโพธิวิชชาลัย จัดตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2552 ภายใต้ยุทธศาสตร์การจัดการความรู้เพื่อสังคม ของมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ดำเนินการภายใต้ความร่วมมือขององค์กรภาคีเครือข่ายในชุมชนหรือองค์กรเบญจภาคี ประกอบด้วย (1) ภาคีภาคราชการและความมั่นคง (2) ภาคี ภาควิชาการ (3) ภาคีภาคประชาชน (4) ภาคีภาคธุรกิจเพื่อสังคม (5) ภาคีภาคประชาสังคมและสื่อ โดยการมีส่วนร่วมของชุมชน จึงก่อให้เกิดโครงการจัดตั้งวิทยาลัยโพธิวิชชาลัยขึ้น
เมื่อวันที่ 28 มกราคม 2551 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินมาทรงเปิดวิทยาลัยโพธิวิชชาลัย มศว จ.สระแก้ว พร้อมกันในปีการศึกษา 2552 วิทยาลัยได้เปิดรับนิสิตรุ่นแรกในโครงการบัณฑิตคืนถิ่น หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต (ศศ.บ.) สาขาการจัดการภูมิสังคม จำนวน 46 คน ซึ่งเป็นเยาวชนที่มาจากพื้นที่ จ.สระแก้วทั้งหมด จึงถือวันที่ 28 มกราคม เป็นวันสถาปนาวิทยาลัยโพธิวิชชาลัย และต่อมาในปีการศึกษา 2554 วิทยาลัยโพธิวิชชาลัย ได้เปิดหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต (ศศ.บ.) สาขาการจัดการภูมิวัฒนธรรม รับนิสิตรุ่นแรกจำนวน 54 คน ซึ่งเยาวชนชาติพันธุ์จากพื้นที่ 5 อำเภอชายแดนไทย -พม่า
วิทยาลัยโพธิวิชชาลัยเป็นส่วนงานหนึ่งในมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ที่มีฐานะเทียบเท่าคณะ มีภาระหน้าที่ผลิตบัณฑิตเฉพาะด้าน วิจัย บริการวิชาการ ทำนุบำรุงศิลปะและวัฒนธรรม และจัดการศึกษาเพื่อสร้างโอกาสและลดความเหลื่อมล้ำของสังคมในการเข้าถึงการศึกษา ตั้งแต่ระดับการศึกษาขั้นพื้นฐานที่มีการจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรมัธยมศึกษา (ม.1-ม.6) ของโรงเรียนสาธิตชุมชนการเรียนรู้สมเด็จย่า วิทยาลัยโพธิวิชชาลัย มศว แม่แจ่ม จ.เชียงใหม่ เป็นต้นแบบของโรงเรียนสาธิตเพื่อเด็กชาติพันธุ์และชายขอบรวมถึงขยายโอกาสการเรียนรู้ร่วมกันกับชุมชนและสังคม และมีการจัดการศึกษาในระดับอุดมศึกษาซึ่งในปัจจุบันวิทยาลัยโพธิวิชชาลัยได้จัดการศึกษาระดับปริญญาตรี ในหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต (ศศ.บ.) สาขาการจัดการภูมิสังคมและภูมิวัฒนธรรม ประกอบด้วย 2 วิชาเอก ได้แก่ วิชาเอกการจัดการภูมิสังคม และวิชาเอกการจัดการภูมิวัฒนธรรม
ในปีการศึกษา 2565 วิทยาลัยจะเปิดหลักสูตรใหม่วิทยาศาสตรบัณฑิต (วท.บ.) นวัตกรรมเกษตรและการจัดการลุ่มน้ำอย่างยั่งยืน ประกอบด้วยวิชาเอกนวัตกรรมเกษตร และวิชาเอกการจัดการลุ่มน้ำอย่างยั่งยืน ตามพันธกิจและยุทธศาสตร์ของวิทยาลัยที่มุ่งเน้นการพัฒนานวัตกรรมเพื่อตอบโจทย์ของพัฒนาประเทศ สร้างความก้าวหน้าทางวิชาการพัฒนาการเกษตร สังคม สิ่งแวดล้อมอย่างยั่งยืน การจัดการเรียนการสอนใช้พื้นที่จัดการเรียนการสอนที่มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ องครักษ์ เป็นพื้นที่หลัก และพื้นที่วิทยาลัยโพธิวิชชาลัย อ.วัฒนานคร จ.สระแก้ว และ อ.แม่สอด จ.ตาก สำหรับการฝึกปฏิบัติการหรือฝึกปฏิบัติการชุมชน
Bodhibijjalaya College was established in 2004. The concept of the College establishment concerns to support higher level education reform and to create alternative education pilot program for lack of opportunities population in the remote area around Thai borders. Also, the College aims to reduce a marginalization in 4 geopolitics borders included Sa Kaeo province (adjacent to Cambodia), Satun province (adjacent to Malaysia), Tak province (adjacent to Myanmar), and Uttaradit province (adjacent to Laos). With this strong willing of the College to return the educated college students to their hometowns will drive the community, society and environment sustainability on the basis of the sufficiency economy philosophy.
According to the education course, all scholarship students of the 1st and 2nd years in the 1st semester have to study at Srinakharinwirot University, Ongkarak Campus. During the 2nd year in the 2nd semester and the 4th year students will have to take courses of On-the-Job Training and submit term papers in accordance with the course regulations based on exclusive characteristics of Sa-kaeo and Tak Provinces.
The educational management of Bodhivijjalaya College emphasizes the cultivation of honest livelihood, patronizing society and peaceful coexistence among people both in the nation and of the neighboring countries.